Da alcuni anni stiamo assistendo a uno sviluppo esponenziale della tecnologia di sequenziamento genomico totale o WGS (Next-or second generation sequencing-NGS) e al suo utilizzo per le attività di sorveglianza epidemiologica delle malattie infettive e, soprattutto, per le indagini su focolai d’infezione umana.

Si tratta di una tecnica di tipizzazione molecolare basate sul sequenziamento dell’RNA, DNA o dell’intero genoma batterico. Inserita tra le science “omiche” è paradigmatiche della cosiddetta epoca della “rivoluzione genomica”, le cui potenzialità sono già state illustrate su questo sito.

Maurizio Ferri, che già nel 2016 aveva partecipato al “Technical meeting on the impact of Whole Genome Sequencing (WGS) on food safety management-within a One Health Framework” organizzato alla Fao a Roma, ha partecipato all’incontro tecnico che si è svolto dal 16 al 18 Maggio 2018 presso il Centro Internazionale di Conferenze di Ginevra, Svizzera, organizzato dal WHO e dal comitato direttivo del GMI (Global Microbial Identifier), il consorzio internazionale che raggruppa più di 250 tra ricercatori, clinici, veterinari, epidemiologi che operano in più di 40 paesi con l’obiettivo di stabilire un’infrastruttura genomica globale e un database per le sequenze di DNA di microrganismi di rilevanza in sanità pubblica e sicurezza alimentare.

Il resoconto è disponibile per il download gratuito

Una partita di mais surgelato e forse altri ortaggi surgelati sembrano essere la probabile fonte di un focolaio infettivo di Listeria monocytogenes che ha interessato Austria, Danimarca, Finlandia, Svezia e Regno Unito dal 2015 in poi.

Gli esperti che hanno lavorato alle indagini sul focolaio si sono serviti della tecnica del sequenziamento dell’intero genoma per individuare la fonte alimentare, che inizialmente si pensava fosse limitata al solo mais surgelato. Dall’8 giugno 2018 sono stati segnalati 47 casi, nove dei quali fatali.

Gli stessi ceppi di L. monocytogenes sono stati riscontrati in ortaggi surgelati prodotti dalla medesima azienda ungherese nel 2016, 2017 e 2018, il che suggerisce una persistenza dei ceppi nell’impianto di trasformazione nonostante l’esecuzione di procedure di pulizia e disinfezione.

Le informazioni disponibili confermano la contaminazione dello stabilimento ungherese. Sono necessarie tuttavia ulteriori indagini, tra cui campionamenti ed esami di laboratorio approfonditi, per individuare i punti esatti di contaminazione dell’ambiente dello stabilimento ungherese. La stessa raccomandazione è applicabile ad altre aziende appartenenti allo stesso gruppo dell’operatore ungherese, nel caso venisse rilevata una contaminazione dell’ambiente dei loro stabilimenti.

Il 29 giugno 2018 l’Ufficio ungherese per la sicurezza della catena alimentare ha vietato la commercializzazione di tutti i prodotti ortofrutticoli surgelati prodotti nell’impianto interessato tra l’agosto 2016 e il giugno 2018, ordinandone l’immediato ritiro e richiamo. E’ probabile che quest’ultima misura riduca notevolmente il rischio di infezioni nell’uomo e contenga il focolaio. Ogni attività di surgelamento nello stabilimento è stata sospesa.

Tuttavia potrebbero ancora emergere nuovi casi in ragione del lungo periodo di incubazione della listeriosi (fino a 70 giorni), della lunga durata di conservazione dei prodotti a base di mais surgelato e del consumo potenziale di mais surgelato acquistato prima del richiamo e consumato senza accurata cottura.

Per ridurre il rischio d’infezione, si raccomanda ai consumatori di cucinare a fondo le verdure surgelate non pronte al consumo, anche se tali prodotti vengono normalmente consumati senza cottura (ad esempio in insalate e frullati). Ciò vale soprattutto per i consumatori a più alto rischio di contrarre la listeriosi come anziani, donne in gravidanza, neonati e adulti con basse difese immunitarie.

•Multi-country outbreak of Listeria monocytogenes – first update

Fonte: Efsa

L’EFSA ha pubblicato due rapporti che forniscono un quadro delle modalità con cui la tecnica del sequenziamento dell’intero genoma (WGS) può essere utilizzata in ambito di sicurezza alimentare e in che misura tale tecnica è in uso in Europa.

Il WGS, utilizzato sempre più di frequente nei laboratori di sanità e sicurezza alimentare pubblica, viene però utilizzato in modi diversi in Paesi diversi e per scopi diversi.

Indagine sull’uso del WGS

I risultati di un’indagine condotta dall’EFSA e dalla Commissione europea nel 2016 in tema di use of WGS for food- and waterborne pathogens isolated from animals, food, feed and their environment in EU/EFTA countries riportano che:
•Alla fine del 2016 il WGS era già utilizzato nei laboratori di 17 Paesi su 30.
•Il motivo fondamentale per cui non si utilizza il WGS è l’assenza di specifiche competenze e risorse finanziarie.
•Il WGS è stato utilizzato principalmente come ausilio per indagini su focolai epidemici.

Progetto ENGAGE

La relazione conclusiva del progetto “Establishing next generation sequencing ability for genomics analysis in Europe” (ENGAGE) riporta una descrizione di tutte le principali tappe raggiunte, tra cui la messa a disposizione delle sequenze di batteri nel pubblico dominio, pubblicazioni scientifiche, analisi comparative, laboratori, corsi di formazione, e materiali per l’apprendimento online.

Obiettivo del progetto, cofinanziato dall’EFSA, è stato quello di incrementare la cooperazione scientifica tra i laboratori europei per utilizzare il WGS in ambito di sicurezza alimentare e tutela della salute pubblica.

Tutti i contenuti prodotti possono essere reperiti nel rapporto e nel sito web ENGAGE.

Fonte: EFSA