In Italia al 18 marzo scorso la prevalenza della cosiddetta ‘variante inglese’ del virus Sars-CoV-2 era del 86,7%, con valori oscillanti tra le singole regioni tra il 63,3% e il 100%. Per quella ‘brasiliana’ la prevalenza era del 4,0% (0%-32,0%), mentre le altre monitorate sono sotto lo 0,5%. La stima viene dalla nuova indagine rapida condotta dall’Iss e dal Ministero della Salute insieme ai laboratori regionali e alla Fondazione Bruno Kessler, che fa seguito a quelle diffuse nelle scorse settimane da cui era emersa una maggior trasmissibilità per la variante ‘inglese’ del 37%.

Per l’indagine è stato chiesto ai laboratori delle Regioni e Province autonome di selezionare dei sottocampioni di casi positivi e di sequenziare il genoma del virus, secondo le modalità descritte nella circolare del Ministero della Salute dello scorso 17 marzo. Il campione richiesto è stato scelto dalle Regioni/PPAA in maniera casuale fra i campioni positivi garantendo una certa rappresentatività geografica e se possibile per fasce di età diverse. In totale, hanno partecipato all’indagine le 21 Regioni/PPAA e complessivamente 126 laboratori.

Queste le principali riflessioni emerse dalla survey

• La rilevazione della variante lineage B.1.1.7 (la cosiddetta ‘inglese’) nella totalità delle Regioni/PPAA partecipanti è indicativa di una sua ampia diffusione sul territorio nazionale. La prevalenza nazionale della variante lineage B.1.1.7 stimata nella indagine rapida precedente del 18 febbraio pari a 54% è ora pari a 86.7%.
• La variante lineage P.1 (la cosiddetta ‘brasiliana’) ha mantenuto una prevalenza pari al 4% (nella precedente era pari a 4.3%); ma nell’indagine precedente era stata segnalata in Umbria, Toscana e Lazio, nell’indagine del 18 marzo anche in Emilia-Romagna e in diminuzione nel numero totale in Umbria e in aumento, invece, nel Lazio.
• Al fine di contenerne ed attenuarne l’impatto sulla circolazione e sui servizi sanitari è essenziale, mantenendo le misure di mitigazione in tutto il Paese nel contenere e ridurre la diffusione del virus SARS-CoV-2 mantenendo o riportando rapidamente i valori di Rt a valori <1 e l’incidenza a valori in grado di garantire la possibilità del sistematico tracciamento di tutti i casi.
• Fonte: ISS

Maurizio ferri, Coordinatore Scientifico SIMeVeP, analizza gli strumenti diagnostici oggi disponibili all’interno dei programmi di sorveglianza per COVID-19, come la loro scelta dipenda dal contesto epidemiologico, l’accuratezza degli stessi e l’ effetto delle varianti su test diagnostici e vaccinazioni.

“E’ chiaro – sostiene Ferri in conclusione – che per garantire in futuro l’accuratezza dei test diagnostici (molecolare ed antigenico) è di fondamentale importanza portare avanti i programmi di vaccinazione il più rapidamente possibile, catalogare gli obiettivi genomici della diagnostica SARS-CoV-2 e sequenziare in maniera regolare e diffuso i campioni clinici”.

Leggi il documento integrale

L’Istituto Superiore di Sanità, Gruppo di Lavoro Prevenzione e Controllo delle Infezioni pubblica il documento “Indicazioni ad interim sulle misure di prevenzione e controllo delle infezioni da SARS-CoV-2 in tema di varianti e vaccinazione anti-COVID-19” aggiornato al 13 marzo 2021, che risponde a diversi quesiti sulle misure farmacologiche e non farmacologiche nell’area di prevenzione e controllo delle infezioni da SARS-CoV-2 sorti con il progredire della campagna di vaccinazione contro COVID-19 e la comparsa delle varianti VOC di SARS-CoV-2.

“La circolazione prolungata di SARS-Cov-2 e il meccanismo naturale di accumulo di errori durante la replicazione virale generano la comparsa di varianti virali di cui solo alcune destano preoccupazione per la salute pubblica (Variant Of Concern, VOC), essenzialmente per la presenza di mutazioni che possono conferire al virus SARS-CoV-2 un’aumentata capacità diffusiva, così come la potenziale resistenza a
trattamenti terapeutici (es. anticorpi monoclonali) e la capacità di eludere la risposta protettiva evocata dalla vaccinazione.

Sebbene sia ancora in corso di valutazione se alcune VOC siano associate ad un quadro clinico più grave o se colpiscano maggiormente alcune specifiche fasce di popolazione, è noto, invece, che l’aumentata circolazione, per esempio, della variante VOC 202012/01 (denominata anche B.1.1.7), identificata per la prima volta nel Regno Unito e caratterizzata da una maggiore capacità diffusiva, può determinare un incremento significativo del numero di ospedalizzazioni, con conseguente impatto sui sistemi sanitari.

Al febbraio 2020, sono state segnalate tre varianti che destano particolare preoccupazione, la già menzionata VOC 202012/01 identificata per la prima volta nel Regno Unito, la 501Y. V2 (denominata anche B.1.351) identificata in Sudafrica e la P1 con origine in Brasile.

Mentre in Italia si stanno attuando indagini per accertare la presenza e la diffusione di queste varianti  e la campagna vaccinale anti-COVID-19 è attualmente in corso,5 sono sorti diversi quesiti sulle misure di prevenzione e controllo delle infezioni sostenute da varianti di SARS-CoV-2 sia di tipo non farmacologico sia di tipo farmacologico. Infatti, in generale, si può affermare che una drastica riduzione della circolazione virale nella popolazione sia in grado di prevenire la diffusione delle VOC già note e il potenziale sviluppo di ulteriori nuove varianti. Nonostante le conoscenze sulle nuove varianti virali siano ancora in via di consolidamento, si è ritenuto necessario fornire specifiche indicazioni che, basate sulle evidenze ad oggi disponibili, possano essere di riferimento per l’implementazione delle strategie di prevenzione e controllo dei casi di COVID-19 sostenuti da queste varianti virali.

Parallelamente, con il progredire della campagna di vaccinazione anti-COVID-19, sono sorti diversi quesiti su come comportarsi nei confronti delle persone vaccinate. E’, quindi, sembrato utile in questo documento affrontare anche tali temi” si legge nell’introduzione.

Nell’ottica dell’approccio “One Health” sarebbe molto importante, in tema di varianti di SARS-CoV-2, analizzare non solo le “variants of concern” (VOC) di SARS-CoV-2 capaci di infettare l’uomo, ma anche le dinamiche d’interazione di ciascuna di esse con le diverse specie animali domestiche e selvatiche.

Ciò al fine di caratterizzarne i rispettivi gradi di suscettibilità (o di resistenza) nei confronti del virus e, cosa ancor più rilevante, l’eventuale capacità da parte delle varianti di consentire lo sviluppo e la conseguente propagazione di ulteriori nuove “VOC” di SARS-CoV-2, come  accaduto negli allevamenti di visoni olandesi e danesi dove questi animali avrebbero acquisito l’infezione dall’uomo (leggasi allevatori di visoni), dando luogo a una serie di eventi mutazionali a seguito dei quali si sarebbe selezionata la variante denominata “cluster 5” e contraddistinta dalla mutazione Y453F, che il visone avrebbe di lì a breve “restituito” all’uomo: un chiaro esempio di “spillover” versus “spillback”, cioè di “zoonosi inversa” o “antropozoonosi” versus “zoonosi”.

Ne ha scritto il Prof. Giovanni Di Guardo, già Professore di Patologia Generale e Fisiopatologia Veterinaria presso la Facoltà di Medicina Veterinaria dell’Università degli Studi di Teramo, in un articolo per saperescienza.it

I virus, in particolare quelli a Rna come i coronavirus, evolvono costantemente attraverso mutazioni del loro genoma. Mutazioni del virus Sars-CoV-2 sono state osservate in tutto il mondo fin dall’inizio della pandemia. Mentre la maggior parte delle mutazioni non ha un impatto significativo qualcuna può dare al virus alcune caratteristiche come ad esempio un vantaggio selettivo rispetto alle altre attraverso una maggiore trasmissibilità, una maggiore patogenicità con forme più severe di malattia o la possibilità di aggirare l’immunità precedentemente acquisita da un individuo o per infezione naturale o per vaccinazione.  In questi casi diventano motivo di preoccupazione, e devono essere monitorate con attenzione.

Sul sito dell’Istituto Superiore Sanità sono pubblicate, e in continuo aggiornamento, domande e risposte sulle varianti di SARS-CoV-2.

Al momento queste sono le FAQ pubblicate:

• Le varianti provocano forme cliniche più gravi o più letali?
• Le varianti colpiscono in maniera particolare i bambini?
• Come funziona il monitoraggio delle varianti in Italia?
• I test che si usano attualmente sono in grado di rilevare le varianti?
• Farmaci e vaccini funzionano anche sulle varianti?
• Come cambiano le misure di protezione individuale con le nuove varianti?
• Quali sono le varianti di Sars-CoV-2 che suscitano più preoccupazioni?
• Cosa sono le mutazioni e perché sono importanti?

Si chiama RacCS203, è un coronavirus correlato a SARS-CoV-2 ed è stato rilevato in alcuni pipistrelli e pangolini nella Thailandia orientale e apre nuove possibili interpretazioni in merito alle origini della pandemia in corso.

Pubblicata sulla rivista Nature Communications, questa scoperta è il frutto di una ricerca condotta dagli esperti della Duke NUS Graduate Medical School, a Singapore, che hanno analizzato esemplari di pipistrelli e pangolini in Thailandia.

“Le origini di SARS-CoV-2 e il ruolo degli ospiti animali intermedi non sono stati ancora completamente determinati – afferma Lin-Fa Wang della Duke NUS Graduate Medical School – studi precedenti avevano identificato una corrispondenza del 96 e del 93,6 per cento nelle sequenze genomiche tra due coronavirus trovati in pipistrelli cinesi e SARS-CoV-2, il che aveva contribuito ad alimentare le ipotesi sull’origine animale dell’agente patogeno”.

Il team ha isolato dalla specie di pipistrelli Rhinolophus acuminatus, situati in una grotta artificiale in Thailandia, il virus RacCS203, che mostra una somiglianza genomica del 91,5 per cento con SARS-CoV-2.

“Coronavirus correlati all’agente patogeno umano sono stati segnalati anche in campioni di pipistrelli in Giappone e pangolini in Cina – precisa l’esperto – ma l’epidemiologia e la storia del salto inter-specie del nuovo coronavirus non è stata ancora del tutto stabilita”.

“L’analisi della sequenza del dominio di legame del recettore della proteina Spike – aggiunge il ricercatore – suggerisce che RacCS203 non è in grado di utilizzare il recettore ACE-2 umano per entrare nelle cellule ospiti. Nella popolazione di pipistrelli della grotta thailandese e in un pangolino del sud della regione sono stati inoltre rilevati anticorpi neutralizzanti per SARS CoV-2, il che fornisce prove della circolazione nel sud-est asiatico dei coronavirus correlati all’agente patogeno responsabile della pandemia attuale”.

Gli autori ipotizzano che i coronavirus correlati a SARS-CoV-2 possano essere presenti nei pipistrelli in molte nazioni e regioni dell’Asia.

“Sebbene questo studio non contribuisca all’individuazione delle origini del nuovo coronavirus – conclude Wang – la nostra ricerca estende l’area di rilevazione di coronavirus associati a SARS-CoV-2 a una distanza di circa 4.800 km”.

“Tutti i dati che abbiamo raccolto sin qui ci portano a concludere che l’origine del coronavirus è animale”. Lo ha detto il capo della missione dell’Oms a Wuhan, Peter Ben Embarek, in una conferenza stampa nella città cinese, primo focolaio del coronavirus.

“Il lavoro sul campo su quello che è successo all’inizio della pandemia di coronavirus non ha stravolto le convinzioni che avevamo prima di cominciare”, ha detto ancora il ricercatore.

Della stessa opinione anche il professor Lian Wannian, a capo della delegazione di 17 esperti cinesi che ha affiancato la missione dell’Oms.

Le ricerche effettuate sul coronavirus sin qui suggeriscono che abbia un’origine “animale” ma non è chiaro quale sia l’esemplare “ospite” ha detto sottolineando che “pipistrelli e pangolini sono i più probabili candidati alla trasmissione, ma i campioni di coronavirus trovati in quelle specie non sono identici al Sars-CoV-2”.

“Non ci sono tracce sostanziali della diffusione del coronavirus in Cina prima della fine del 2019. E non ci sono prove che circolasse a Wuhan prima del dicembre del 2019”, ha detto il professor Lian Wannian.

Molti casi di contagio sono «stati rilevati nella seconda metà di dicembre. Dal punto di vista epidemiologico il virus è stato trovato al mercato del pesce Huanan, ma altri casi in altri mercati. Non è possibile concludere che il virus sia arrivato per primo al mercato Huanan».

«L’ipotesi della fuga dal laboratorio del coronavirus è estremamente improbabile». lo ha detto il capo missione dell’Oms a Wuhan, Peter Ben Embarek. Il capo missione dell’Oms ha anche sottolineato che raccomandazione per il futuro è di non continuare «le ricerche» nella direzione di una fuga del Codi dal laboratorio di Wuhan.

“Sappiamo che il virus può sopravvivere nei cibi surgelati, ma non sappiamo ancora se da questi si può trasmettere all’uomo. Su questo servono più ricerche”. Ha detto Peter Ben Embarek. “L’ipotesi che il Covid attraverso il commercio di prodotti surgelati è possibile ma molto lavoro deve essere ancora fatto in questo ambito”, ha aggiunto.

Il lavoro congiunto in Cina del team di esperti dell’Oms e di Pechino “è terminato” e ora il lavoro di tracciamento dell’origine del Covid-19 procederà nel resto del mondo e “non sarà vincolato ad alcuna località”, ha affermato Lian Wannian che ha anche aggiunto che la Cina sosteniene “il lavoro e l’azione dell’Oms”.

La notizia sul sito dell’Onu (in inglese)

Il video della conferenza stampa (in inglese)

Maurizio Ferri, Coordinatore sceintifico SIMeVeP, analizza in un contributo in inglese, la variante di SARS-COV-2 nel visone ed altre varianti che potrebbero minacciare l’efficacia degli attuali vaccini.

Una stretta collaborazione tra le autorità di sanità pubblica e quelle di sanità animale nell’ambito dell’approccio “One Health” è fondamentale per l’individuazione precoce dei focolai di infezione da SARS-CoV-2 negli allevamenti di visoni e dei casi umani correlati agli allevamenti di visoni, al fine di consentire misure tempestive di risposta e controllo. Per ridurre il rischio posto alla sanità pubblica dalla variante le autorità nazionali dovrebbero mettere in atto una serie di misure destinate agli allevamenti di visoni, agli operatori che vi lavorano e alle co munità che vi sono in contatto.

Il Prof. Giovanni Di Guardo, già Docente di Patologia Generale e Fisiopatologia Veterinaria presso l’Università di Teramo, interviene sul tema delle varianti di SARS-CoV-2 più o meno recentemente identificate nella popolazione virus-infetta e il ruolo dei cosiddetti “big spreaders” (“grandi diffusori”) nell’epidemiologia dell’infezione.

Tenuto conto che, secondo una stima, il 15-20% di costoro sarebbero responsabili dell’80-85% dei nuovi casi d’infezione, l’interrogativo sollevato dal Professore riguarda in particolare la possibilità che le succitate varianti, ben più diffusive e contagiose rispetto ai ceppi virali noti prima della loro comparsa, fossero presenti – ed in quale misura – in soggetti “grandi diffusori”.

L’articolo completo è pubblicato da “Quotidiano Sanità”

Il riscaldamento globale potrebbe avere favorito l’emergere del virus SarsCoV2. Lo indica la ricerca dell’università di Cambridge pubblicata sulla rivista Science of the total environment, che per la prima volta stabilisce un collegamento fra le condizioni climatiche delle foreste nel Sud della Cina e la comparsa di nuovi coronavirus veicolati dai pipistrelli.

La ricerca ha studiato i cambiamenti su larga scala avvenuti nella vegetazione della provincia meridionale cinese dello Yunnan, nel Myanmar e in Laos. Con l’aumento delle temperature, della luce solare e dell’anidride carbonica nell’atmosfera, il cambiamento climatico ha modificato gli habitat naturali, dalla savana tropicale alle foreste decidue, che sono così diventati gli ambienti adatti per molte specie delle specie di pipistrelli che vivono nelle foreste.

I ricercatori hanno infatti riscontrato che, rispetto alla media, sono aumentate del 40% le specie di pipistrelli che nell’utimo secolo si sono spostate nel Sud della Cina, dove sono stati isolati più di 100 tipi di coronavirus che hanno origine nei pipistrelli. Questa zona è inoltre quella in cui i dati genetici suggeriscono che possa essere nato il coronavirus SarsCoV2.

“Il cambiamento climatico degli ultimi 100 anni ha reso la provincia dello Yunnan l’habitat ideale per più specie di pipistrelli“, commenta Robert Beyer, primo autore dello studio. Poiché il clima ha modificato gli habitat, le specie hanno lasciato delle aree spostandosi in altre, portandosi i virus con sé. “Sono cambiate così le regioni dove erano presenti i virus e – osserva . sono diventate possibili nuove interazioni tra gli animali e i patogeni, facendo evolvere alcuni virus in modo da rendendoli più dannosi nel trasmettersi“.

Nel mondo ci sono circa 3.000 i tipi di coronavirus veicolati dai pipistrelli finora noti e ogni specie di questi mammiferi ne ospita in media 2,7, senza quasi mai mostrare sintomi. Il cambiamento climatico ha inoltre aumentato il numero di specie di pipistrelli in Africa Centrale, Centro e Sud America. “Servono limiti all’espansione delle aree urbane e agricole – dicono i ricercatori – e bisogna cercare spazi negli habitat naturali per ridurre il contatto tra umani e animali che veicolano malattie“.

Fonte: ANSA